在延续前两部阴郁高能的基调之上，《房客3》将故事背景搬到了正值深秋的多雨都市“滨江”。作为全系列的收官篇章，本季在开篇便抛弃了循序渐进的铺垫：因卷入医疗诉讼而名声扫地的外科副主任医师陆子昂（陈默非 饰），为了躲避家属与记者的围堵，匆匆租下了位于老城区“青竹里六号”的一间低价公寓。这间曾发生过离奇失踪案的房间常年弥漫着霉味与檀香交织的怪异气息，而房东沈阿姨（罗佩琳 饰）递过来的租约上，有着一行被刻意涂黑的附加条款。陆子昂只想在这里闭门整理答辩材料，却在入住首夜就被隔壁墙缝中传来的抓挠声惊醒。
随着剧情深入，原本冷漠疏离的邻里网络逐渐显现出扭曲的共生关系。住在他对门的是一名整日拉紧厚重窗帘的自由插画师苏曼（顾澜 饰），她笔下的诡异画作不仅精准再现了陆子昂儿时在孤儿院被火灼伤的疤痕，更隐晦预言了即将发生在大楼内的坠楼惨剧；而顶楼深居简出的退役刑侦顾问周怀安（沈清源 饰），则在私底下暗中搭建了一面贴满前两季失踪者相片的线索墙。陆子昂偶然在床底下翻出了一本被撕去后半部分的租客日记，日记的主人正是两年前莫名蒸发的刑警赵晨。
故事在中段迎来了戏剧性爆发。一场突如其来的罕见暴雨淹没了整座城市的地下排污管网，青竹里六号被彻底断电断网，沦为一座与世隔绝的孤岛。当晚，整日游荡在楼道里的流浪少年谭晓宇目睹了一具带血的雨衣在五楼天台一闪而过。陆子昂在协助周怀安勘查现场的过程中，震惊地发现所有的线索都指向了自己——死者口袋里装有一盒他私藏且早已停产的镇静药物，而案发时刻他唯一的在场证明人，竟是那个可能根本不存在于现实中的幻影租客。
在最终的高潮阶段，《房客3》完成了全系列最宏大的闭环设计。陆子昂不再是一个被动的受害者或追查者，他多年前在江城第一医院所签署的一份特殊免责声明，正是这栋楼所有住客深陷泥潭的源头。真相在冷冽的雨夜被层层撕开，周怀安、苏曼与沈阿姨并非偶然聚集于此，他们是一场隐秘复仇与自我救赎闭环中的齿轮。终局时刻，当警笛声划破黎明前的死寂，陆子昂站在空无一人的天台上，终于读懂了租约最后那行被抹去的誓词。